圓満院は寛和三年（987年）に、村上天皇の第三皇子悟円親王により創立された天台宗の門跡寺院です。
三井三門跡の一つであり、開基当時は平等院と呼ばれていました。

藤原道長が宇治に建てた別荘をその子藤原頼道の時代に寺院にするよう命令が下され、平等院（後の圓満院）の明尊大僧正によって完成しました。

悟円親王の子永円親王が初代院主となり、三井平等院の名前を宇治に譲り、現在の宇治平等院の初めとなっています。
一方三井平等院は明尊大僧正によって圓満院と命名され、悟円親王をはじめとして歴代皇族の入室する門跡寺院となりました。
しかし室町時代後期までは、通称三井平等院と呼ばれていました。

明治11年に明治天皇、明治13年と45年に当時東宮でいらっしゃった大正天皇が行幸された由緒ある門跡寺院です。